1、 為保障民眾用水安全及水庫得以穩定供水，經濟部於106年依自來水法公告湖山水庫水質水量保護區，將雲林縣斗六市、古坑鄉及南投縣竹山鎮納入保護區範圍。後於108年4月15日公告變更水質水量保護區範圍，增納嘉義縣阿里山鄉地區，合計公告面積174.56平方公里。

2、 依據自來水法規定，水質水量保護區內禁止或限制濫伐林木、濫墾土地、變更河道、排放超過規定標準之工礦廢水或家庭污水、設立污染性工廠、設置垃圾掩埋場、興建或擴建高爾夫球場、以營利為目的飼養家禽、家畜等貽害水質水量之行為。

3、 水質水量保護區內居民因全體國民用水之公益，而使其土地之利用遭受限制，故向該水源取、用水人徵收水源保育與回饋費，供保護區內居民辦理水資源保育與環境保育設施、公共福利回饋及土地補償等措施，以落實「受益者付費、受限者得償」之精神。