◎湖山水庫計畫區所發現之物種，均非屬於該地區之獨有物種，故沒有物種會因水庫興建而滅絕。

◎以八色鳥為例，八色鳥在台灣之分布，除雲林地區外，台灣各地由南到北均有其蹤跡，湖山水庫並非八色鳥之唯一棲地。依調查顯示，全台灣數量約3,000隻左右，斗六丘陵西側林班地(約2,300公頃)約200隻左右。經近年歷次斗六丘陵八色鳥族群數量調查成果顯示，湖山水庫的興建確會對八色鳥產生干擾。

◎農委會已於97年11月28日依據野生動物保護法第8條第4項規定，將斗六丘陵61-70林班公告為「雲林湖本八色鳥野生動物重要棲息環境」，再依據台灣地區石門、曾文及翡翠水庫之經驗，水庫上游集水區多有八色鳥的蹤跡，集合上述兩項因素，湖山水庫完成後斗六丘陵仍應非常適合八色鳥之棲息環境。

◎另以圓葉布勒德藤為例，依據農委會林務局網站資料，在林內、南投關刀溪、瑞里及旗山等低海拔地區亦均有分布，經近年其曝光率與知名度大增後，於鯉魚潭水庫等地亦均有發現其生長。受水庫施工影響之圓葉布勒德藤，則將先行安置至湖山水庫所設置之網室後，再移植至其他適合生長之野外地點。

◎為兼顧生態保育，湖山水庫計畫已編列2億經費辦理相關生態保育及環境保護，並已由學者專家、民間團體及政府機關各三分之一組成生態保育執行委員會，指導及監督生態保育措施切實執行。