湖山水庫水源為濁水溪河系之清水溪，屬於中游河川，而湖山水庫位址則屬於北港溪河系上游支流梅林溪之水源河谷，屬於上游河川，且為雷公溪型河川，暴雨來時河水迅速上漲，雨水停時溪流水量小，乾季時甚至部分河段有斷流情形，因此水庫水源引入後，不但清水溪因流量減少而影響其下游河川生態，連湖山水庫庫區下游水域之河川生態也將受影響，因此相關計畫須先蒐集北港溪、梅林溪、清水溪及濁水溪水域資源之歷史資料外，尚須對現況深入了解，並持續在兩水系水域進行資源變動監測，一方面蒐集兩水系生物間的食性資料，建構兩水系之生態系食物網模式。以下為96年度各項計畫：

◎清水溪及梅林溪河川生態系現況評估

◎清水溪及梅林溪河川生態系指標物種的選擇及生活史研究

◎清水溪及梅林溪水域生物棲地需求研究

◎湖山水庫水域生態食物網模式之建構