南北聯絡渠道關係濁水溪兩岸10萬公頃農田灌溉，雲林地區公共給水與雲林離島式基礎工業區用水，對彰雲投社經發展影響至鉅，故渠道設計之安全性、耐久性須較一般渠道更為嚴謹、標準更為提高。

     渠道斷面大部分採用倒E型設計，其主要考慮於低流量運轉時，可單邊通水，維持流速在設計最小流速以上，避免渠道淤積，另保養維修時，亦可視需要單邊通水。

     在安全考量上，渠道兩側牆高均高於回填面1.0公尺為原則，暗渠入口前加設安全防護攔，並於適當位置設置側槽溢洪道與放水門。

     為減少用地與節省工程費，沿濁水溪河岸佈置之渠道，均採渠道與堤防護岸共構方式設計。多種功能結構物採共構，就風險可靠度是不利的，惟台灣地區地狹人稠，環境品質漸受重視，共構將是規劃設計必須考量之方案。
渠道沿河岸佈置，將切斷原有流向河川之排水系統及局部改變原有地形或造成現有土地不利使用等周邊環境之負面影響，對整體計畫而言，此部分為次要功能，規劃設計經常未受重視，但對周邊百姓而言，此項影響卻是重要且主張強烈，南岸聯絡渠道為解決類似問題，耗費相當大的心力與時間，足引以為鑑。

     南岸聯絡渠道第四段沿濁水溪河岸佈置於河床面下，第五段部分穿越清水溪河床，經考量安全性、耐久性及施工便利性，評估結果採用鋼襯預力混凝土管，應屬正確之決定。惟穿越清水溪河床段於施工中未考量洪水時動床深度與施工中空管抵抗浮力之安全性，於85年賀伯颱風來襲時受災，埋設於河床下8公尺深之直徑4.0公尺鋼襯混凝土管（每支6公尺長，總重約60公噸），多支被沖到下游約百公尺遠。土木水利工程多種結構物最脆弱時間，往往發生於施工階段，設計者應將施工中之安全因素及應注意事項，納入施工技術規範，供施工廠商参考。廠商亦應將其納入施工計畫及採取必要之防患措施，以避免災害發生。