聯絡渠道主要功能係將攔河堰南北進水口引水量輸送銜接農水署彰化、雲林兩管理處現有灌溉系統，為減少用地與環境衝擊，儘可能利用現有設施改建為上策，故南岸第六段以下及北岸第五段以下聯絡渠道均利用原有渠道擴建改善，以上部分才新建。

        南岸聯絡渠道新建段原規劃設置兩座低水頭水力發電廠，為維持發電水頭，路線依水理與地形相契合之條件佈置，規劃路線須穿越竹山鎮，並徵收私有土地。基本設計完成劃定徵收範圍向百姓舉行徵收說明會時，地方百姓以安全有顧慮與破壞風水為由強烈反對，經多次協調溝通未果，乃決定改線沿濁水溪南岸佈置。
       北岸聯絡渠道第四段（二水段）亦因土地取得問題遭受百姓抗爭，雖完成了細部設計，但與地方協調溝通後，仍決定改線重新設計。