集集計畫近程以濁水溪與其支流清水溪地表水源為調度目標，惟因枯水期水源仍有不敷下游各標的需求現象，故後續計畫將再陸續開發濁水溪伏流水與興建雲林地區中小型水庫（如湖山水庫），另濁水溪沖積扇貯藏大量地下水，目前未有效管理使用，將來有必要逐漸導引為計畫性使用。

     上述後續開發之新增水源相較濁水溪逕流，為較潔淨之原水，故將來水源運用調度上，於濁水溪地表逕流水源不足或含砂濃度太高時，將動用此項水源供應民生用水與工業用水。如此以不同標的水質要求，調度不同水源，將可使水源作最佳化之使用，並節省營運成本。